Ο Σύλλογος Εργαζομένων στον ΕΟΦ έχει ιδρυθεί από το 1976, τότε ως «Σύλλογος Εργαζομένων στο ΚΕΕΦ» (Κρατικό Εργαστήριο Ελέγχου Φαρμάκων – προκάτοχος Οργανισμός του ΕΟΦ). Ο ΕΟΦ ιδρύθηκε το 1983 και το ΚΕΕΦ ενσωματώθηκε στον νέο Οργανισμό. Ο Σύλλογος Εργαζομένων στον ΕΟΦ έχει ως μέλη του το προσωπικό του ΕΟΦ όλων των κλάδων και κατηγοριών